Предложен метод комплексного многоуровневого аналитического моделирования, исследования, прогнозирования, оценки эффективности и оптимизации управления и результатов бизнес-взаимодействия субъектов и объектов региональных инновационных бизнес-процессов в уникальном признаковом пространстве, учитывающем весь спектр балансов интересов всех участников, их меняющиеся предпочтения при изменении рыночных ситуаций. Реализованный подход не имеет ограничений на признаковое пространство, характеристики региональных инновационных бизнесов, инновационной инфраструктуры, рынков капиталов, участие органов власти в управлении и достижении экономического резонанса в бизнес-взаимодействии. Как новый инструмент маркетинга и менеджмента инновационного бизнеса метод может быть платформой для развития нового научного направления, использован при анализе бизнес-взаимодействий в территориальном формировании различного масштаба и при рейтинговании регионов в многоуровневом пространстве изменений.